« L'île originelle », car sa nature reste encore originelle La plus petite des 4 îles avec une superficie de 290 km2. Le point culminant est le Mont MZé Koukoulé avec 790m d'altitude.

 Sites à visiter :
  - Le Parc marin de Mohéli
Le premier parc national aux Comores, un véritable sanctuaire de la biodiversité régionale. Le Parc Marin de Mohéli est crée en 1998 et inauguré en Avril 2001 au Sud de l'île de Mohéli. Il couvre une superficie de 404 km2 et s'étend sur 40 km de long. Véritable Eden tropical, ce parc s'inscrit dans le cadre d'un projet de conservation de la biodiversité et de développement durable qui inclut largement la population locale.

  - Les vestiges les plus anciens sont ceux de Moili Mdjini au nord de Djoiézi. Elles remontent du début de millénaire. Cette ville est détruite au 19ème s par les invasions malgaches.

  - A Fomboni, Le palais royal de Ramanateka, dit sultan Abdérmane après sa conversion à l'islam. Visiter également le palais royal de Djoumbé Fatima, palais fortifié, garni de canons qui monte la garde du palais. Admirer la résidence coloniale de Lambert, datant de la fin du 19ème s

  - Le chalet Saint Antoine, situé à 697 m d'altitude à l'ouest de l'île et qui offre une vue panoramique de la ville de Fomboni. La forêt luxuriante qui entoure le chalet est très fréquentée par les chauves souris de Linvigstone.
  - Le lac Boudouni : ancien cratère volcanique, devenu aujourd'hui un lac classé patrimoine mondial. C'est une des grandes curiosités naturelles de l'archipel. Il s'agit d'un petit lac aux eaux sulfureuses où aucun poisson ne peut vivre, et qui aurait des vertus thérapeutiques.

  - Les îlots de Nioumachoua : forment un magnifique ensemble sur le plan écologique mais aussi esthétique et présentent de ce fait un potentiel scientifique et récréatif très important.
Les îlots de Noumachoua situé en face du village de Noumachoua, est l'un des plus beaux sites sou-marins de l'Océan Indien. De part sa diversité biologique, ce site abrite le Parc Marin de Mohéli.
Les 9 îlots s'étendent sur une surface de 900 hectares, entourés chacun d'immenses plages très fréquentées par les tortues lors de la ponte.
Différents types d'habitats sont rencontrés au niveau des îlots de Nioumachoua Plages de sable corallien, de sable d'origine volcanique, de galets;
Des mangroves à végétation terrestre
Des récifs coralliens de type frangeant
Visiter les îlots et faites du camping sous le guide des éco-gardes.
Faites de la plongée sous-marine et observez les récifs coralliens et les tortues dans les grottes ;
Admirer les cascades de Ndrondroni.