L'économie repose essentiellement sur l'agriculture, qui occupe 65% de la population active, la pêche et l'élevage. Cette culture vivrière est en grande partie autoconsommée par la population.

L'archipel est spécialisé dans les plantes à parfum et aromatiques (l'ylang-ylang, le patchouli), les cultures de rente (la vanille), les épices (cannelle, noix de muscade, poivre, cardamone, le girofle) ainsi que le café, cultivé en moyenne altitude. Les forêts couvrent près de 16% de la superficie des îles. Très dégradées par la pression humaine, elles ne fournissent qu'une quantité modeste de bois dur, essentiellement sur la Grande Comore.
PIB par habitant : 620 USD